L'Assemblea dei soci è l'organo che decide la linea dell'associazione. La sua funzione è descritta dall'articolo 12 dello Statuto Apei. L'Assemblea viene convocata ordinariamente una volta l'anno per l'approvazione del bilancio consuntivo e preventivo oppure straordinariamente qualora venga richiesto da due terzi delle presidenze regionali, provinciali e cittadine.  Partecipano all’Assemblea Nazionale tutti i soci in regola con le quote associative. Non sono previste deleghe. Tutti i soci hanno diritto ad esprimere il proprio voto, anche attraverso modalità di voto elettronico, che vengono regolamentate di volta in volta dal Consiglio Nazionale. Anche la partecipazione da parte dei soci può avvenire in videoconferenza.