L'Assemblée des membres est l'organe qui décide de la ligne de l'association. Sa fonction est décrite à l'article 12 du Statut de l'Apei.  L'Assemblée est convoquée ordinairement une fois par an pour l'approbation du budget définitif et prévisionnel ou extraordinairement à la demande des deux tiers des présidences régionales, provinciales et municipales.  Tous les membres en règle avec les frais d'adhésion participent à l'Assemblée nationale. Il n'y a pas de procurations.  Tous les membres ont le droit de voter, également par des méthodes de vote électronique, qui sont réglementées de temps à autre par le Conseil national. La participation des membres peut également se faire par visioconférence.